El término de Fuentes de Andalucía se formó en el siglo XIX por la unión de los territorios de Fuentes y de la Monclova.
El reducido término de Fuentes , formado a expensas de los de Écija y Carmona, estaba situado entre los ríos Genil y Corbones, siendo su principal arteria fluvial el río Arroyo Madre de Fuentes, llamado Guadalbardilla por los Árabes.
En terrenos del término municipal de Fuentes podemos asegurar la presencia humana desde tiempos muy remotos.
Los testimonios de fecha más remota que se han encontrado en el término de Fuentes se encuentran en los Cerros de San Pedro. En ellos se hallan vestigios de población antigua. Los restos arqueológicos que cubren el suelo revelan la existencia en aquellos lugares de pobladores turdetanos durante varios siglos.
También en él se encuentra localizada, cerca de la Monclova, la ciudad ibérica de Obúlcula, una de las ciudades béticas de la región turdetana, según Ptolomeo.
La Villa de Fuentes fue reconquistada hacia el año 1248 y en los repartos de Écija se le cita expresamente, apareciendo incluida en el término de Carmona según el alboz otorgado por privilegio de Alfonso X el Sabio en 1255 a esta ciudad. La existencia de habitantes, en estos lugares, en tiempos musulmanes está totalmente aceptada, debido, además de la presencia de restos arqueológicos, a la existencia del Castillo de Fuentes, cuya construcción posee una marcada tendencia árabe.
Las tierras fueron repartidas entre los señores que habían contribuido a la Reconquista y entre la Órdenes Militares, que ayudaban al rey a este fin. A una de estas, la de Alcántara, se le concedió grandes extensiones en la parte occidental, en un lugar denominado La Aljabara.
A mediados del siglo XIV, el castillo y el caserío pasaron, concedidos por Alfonso XI en 1316, a ser señorío de D. Alvar Pérez de Guzmán, Alguacil Mayor de Sevilla y descendiente de los Medina Sidonia, al que no se le dió territorio alguno alrededor del castillo ya que en los repartimientos de Écija el mojón de la delimitación de los términos de Écija, Marchena y Carmona estaba situado en el nacimiento del río Guadalbardilla.
Sin embargo, a lo largo del S. XV, los señores de Fuentes fueron ocupando territorios, especialmente en la zona llamada El Algarvejo, donde se llevó a cabo una intensa roturación y plantación de viñas. Los pleitos continuarían hasta que el rey Felipe II concedió a los señores de Fuentes jurisdicción Civil y Criminal sobre los terrenos situados a cien pasos alrededor de la villa de Fuentes.
Posteriormente, el señorío de Fuentes se vendió a D. Alonso Fernández y a su mujer Isabel Belmana, hija de Guillén de las Casas, Tesorero Mayor de Andalucía, a quienes Enrique II les concedió el mayorazgo y de los que procede la casa de los Marqueses de Fuentes, que tomaron el apellido de su Señorío y habitaban en el castillo de Fuentes. El Marquesado de Fuentes fue concedido por Felipe III , el 14 de Enero de 1603, a D. Gome de Fuentes Guzmán, Caballero de Santiago. A mediados del Siglo XVIII el señorío y el título habían entrado en las jurisdicción del Conde de Torralba.
Los terrenos de la Monclova quedaron en poder real y posteriormente fueron donados, como señorío por Alfonso XI a Micer Egidio Bocanegra, conocido como Gil Bocanegra, décimo séptimo almirante de Castilla, prestigioso marino genovés puestos al servicio real, por su actuación en la toma de la ciudad de Algeciras al derrotar a la armada de los pueblos norteafricanos y hacerse dueño del mar, estrechando el cerco a la ciudad hasta su total rendición.
Las Cortes de Cádiz abolieron los derechos nobiliarios y con ellos la jurisdicción civil y criminal sobre la Villa de los Marqueses de Fuentes. Posteriormente se unieron en un mismo municipio los territorios pertenecientes a la Villa de Fuentes y al Señorío de la Monclova constituyendo el actual término de Fuentes de Andalucía, nombre que se comenzó a utilizar ya en 1.778, en un documento testimonial del abogado D. Miguel de Padilla Infante, que después sería corregidor de la villa, fechado el día 19 de Marzo. A partir del año 1791 se generaliza dicho nombre.